Ondřej Mucha studiował w Konserwatorium Akademii Ewangelickiej w Kroměřížu grę na organy  w klasie MgA. Karla Hinera, oraz grę na klawesynie w klasie MgA. Ilony Růčkovej. Swoje wykształcenie ubogacił udziałem na Międzynarodowych Mistrzowskich Kursach Interpretacyjnych na JAMU w Brnie pod kierownictwem prof. Kamily Klugarowej. Studium gry organowej kontynuował na kierunku Chórmistrzostwa muzyki kościelnej na uniwersytecie w Hradcu Králové w klasie dr Františka Vaníčka oraz grę na organach w klasie doc. Imricha Szabó, ARTD. na Akademii Muzycznej w Bratysławie.

Ondřej Mucha prowadzi regularną działalność koncertową tak w Republice Czeskiej, jak również za granicą (Słowacja, Polska, Austria, Hiszpania itp.) występował również na kilku międzynarodowych festiwalach organowych.

Oprócz działalności koncertowej Ondřej Mucha zajmuje się również muzyką kościelną jako organista i kompozytor. Działa w Prostějowie w kościele przyklasztornym św. Jana Nepomucena, gdzie między innymi założył cykl koncertów organowych. W zakresie kompozycji zajmuje się przede wszystkim tworzeniem pieśni i mniejszych utworów chóralnych.

Prowadzi także działalność pedagogiczną w zakresie gry na organy, improwizacji organowej oraz gry na fortepianie. W 2012 roku była Ondřejowi Muchowi przyznana nagroda za znakomite wyniki pedagogiczne w zakresie pedagogiki organowej w ramach konkursu organowego ORGANUM REGIUM.